(Ne)išbrauktieji iš Vilniaus universiteto istorijos
Universitetai, kaip ir visi kiti autonomiški, didelį autoritetą turintys visuomenės institutai, buvo reikšminga kliūtis totalitarinių režimų siekiui pakeisti visuomenės sąrangą pagal savo ideologines nuostatas. Negalėdami visiškai jų sunaikinti, komunistai ir naciai mėgino pažeisti jų autonomiškumą ir sugriauti autoritetą, paversti klusniais sistemos įrankiais. 1940 m. birželio 15 d. Lietuva neteko porą dešimtmečių kurto valstybingumo ir tapo vienas kitą keitusių totalitarinių režimų socialinių ir politinių eksperimentų bei tarpusavio kovos poligonu. Vilniaus universitetas, viena svarbiausių mokslo ir studijų institucijų, irgi atsidūrė sunkių išbandymų akivaizdoje. Universiteto akademinės bendruomenės ardymas, eliminuojant iš jos ideologiniu požiūriu svetimus dėstytojus, studentus ir aptarnaujantį personalą, greitai tapo neišvengiama niūrios tikrovės dalimi.
Ypač skausmingas netektis Vilniaus universitetas patyrė Antrojo pasaulinio karo ir pokarinės sovietizacijos metais. Pirmieji akademinio personalo atleidimai nurodant politinius motyvus prasidėjo jau 1940 m. rudenį, kai darbo universitete neteko keletas prie sovietinio universiteto vizijos netikusių profesorių. Iki SSRS karo su nacių Vokietija pradžios ši akcija nespėjo įsibėgėti, nes okupacinis režimas nesugebėjo greitai mobilizuoti lojalių vietinių kadrų, kurie galėtų užimti atlaisvinamas mokslo personalo vietas. Studentų korpuso ,,valymas“ pagal socialinius ir politinius kriterijus 1940–1941 m., atrodo, irgi dar neįgijo didesnio pagreičio. Nors žinoma, kad vien per šių akademinių metų rudens semestrą universitetą paliko beveik 800 studentų, nėra aišku, kiek tarp jų buvo pasitraukusių ne savo valia. Iki šiol taip pat nėra nustatyta, kiek skirtingų tautybių Vilniaus universiteto dėstytojų ir studentų buvo ištremta per masinių trėmimų akciją 1941 m. birželį.
Didelius sukrėtimus universiteto bendruomenė išgyveno prasidėjus nacių okupacijai. Okupacinės valdžios nurodymu 1941 m. vasarą iš darbo buvo atleisti visi žydų tautybės dėstytojai. Kiek vėliau buvo išleisti potvarkiai dėl žydų ir lenkų tautybės studentų šalinimo iš universiteto. Kai kuriais duomenimis, per pirmuosius nacių okupacijos mėnesius dėl rasinių ir politinių motyvų universiteto administracija buvo priversta atleisti apie trečdalį akademinio personalo ir apie tūkstantį studentų. Beveik visi prievarta atleisti ar studijas nutraukę žydų tautybės universiteto bendruomenės nariai vėliau tapo Holokausto aukomis: buvo nužudyti Paneriuose, prie Vilniaus ar kitose masinio naikinimo vietose, darbo ir koncentracijos stovyklose. Nacių okupacijos pradžioje smarkiai nukraujavęs universitetas nebuvo paliktas ramybėje ir vėlesniais metais. Lietuvos suvokietinimo planus puoselėję naciai visaip varžė universitetų veiklą, ieškojo pretekstų juos uždaryti. Toks ketinimas buvo įvykdytas 1943 m. kovo 17 d., kai visos Lietuvos aukštosios mokyklos, taip pat ir Vilniaus universitetas, buvo uždarytos, apkaltinus lietuvių intelektualus sužlugdžius mobilizaciją į SS legioną.
Naujas universiteto griovimo etapas prasidėjo grįžus į Lietuvą sovietams. 1944 m. vasarą, sovietų armijai artėjant prie Vilniaus, baimindamiesi galimų represijų į Vakarus pasitraukė kelios dešimtys buvusių universiteto dėstytojų ir studentų, todėl tų metų rudenį naujus mokslo metus itin sunkiomis sąlygomis pradėjo vos penktadalis iki okupacijų buvusio studentų skaičiaus, liko maždaug pusė akademinio personalo. Sovietų režimas labai įtariai žiūrėjo į intelektualus, kurie nacių okupacijos metais dirbo Lietuvoje, todėl visi senieji Vilniaus universiteto dėstytojai buvo akylai sekami režimo represinių struktūrų. Surinkus pakankamai antisovietiškumo įrodymų, profesoriai buvo prievartaujami išduoti savo kolegas, o nepasidavę spaudimui represuojami. Dėstytojų areštai prasidėjo 1945 m. pradžioje ir tęsėsi kelerius metus iki pat Stalino mirties. Stalininio teroro aukų sąraše atsidūrė daug iškilių mokslininkų. Dar daugiau universiteto dėstytojų dėl politinių motyvų buvo atleisti, nors represijų jiems ir pavyko išvengti. Dėl to ypač nukentėjo Gamtos ir Istorijos-filologijos fakultetai, kurių akademinis personalas šeštojo dešimtmečio pabaigoje labiausiai pajuto per visą Sovietų Sąjungą besiritančių ideologizuotų pseudomokslinių diskusijų padarinius.
Sovietų nustatyta priėmimo į aukštąsias mokyklas tvarka turėjo užtikrinti, kad tarp būsimų inteligentų – studentų neatsirastų priešiškų režimui asmenų. Aukštųjų mokyklų studentus parinkdavo specialios mandatų komisijos. Šios komisijos pirmiausia tikrindavo stojančiųjų socialinę kilmę ir politinį patikimumą. Pirmenybė buvo teikiama jaunuoliams, kurių tėvai aktyviai rėmė sovietų valdžią, buvo darbininkai ar smulkūs ūkininkai. Dėl to į aukštąsias mokyklas negalėjo patekti daug gabių jaunuolių. Ypač sunku politiškai nepatikimiems asmenims būdavo įstoti į humanitarines specialybes. Pateikus melagingus duomenis, grėsė ne tik pašalinimas iš universiteto, bet ir baudžiamoji atsakomybė. Nuolat veikusios mandatų komisijos tikrino pateiktus duomenis ir paaiškėjus naujiems faktams galėjo pašalinti iš studijų ir mokslo metų viduryje.
Postalininiu laikotarpiu, kai klasikinis Vilniaus universitetas iš esmės jau buvo paverstas sovietiniu ir ta proga gavo Darbo raudonosios vėliavos Vinco Mickevičiaus-Kapsuko vardą, represijos prieš universiteto bendruomenę nebebuvo masinės, tačiau pavienių politinio susidorojimo atvejų vis pasitaikydavo. Iš jų geriausia žinoma nuo 1958 iki 1961 m. užsitęsusi Lietuvių literatūros katedros byla, per kurią iš universiteto buvo išguitos penkios šios katedros darbuotojos. Tai vienas juodžiausių puslapių okupacinio laikotarpio universiteto istorijoje, patvirtinęs jo sovietizacijos sėkmę. Mat tai buvo pirmas kartas, kai iš viršaus užsakytas politinis susidorojimas ne tik, kaip jau buvo įprasta, atliktas universiteto administracijos rankomis, bet ir viešai tam pritariant ar netgi talkinant didelei pačios universiteto bendruomenės daliai.